Нашел на просторах интернета, чутка поправил и вот.

Что делать если Launcher Skyrim не видит модов?
Способ 1:
Если у вас Лаунчер не видит моды (кнопка Data Files затемнена) откройте файл Мои документы\My Games\Skyrim\SkyrimPrefs.ini и в секции [Launcher] (в самом низу) добавьте строку:
bEnableFileSelection=1
bShowAllResolutions=1
 uLastAspectRatio=1
Способ 2:
Заходим в реестр. Пуск-выполнить (или Windows + r) и вводим regedit. Ищем в разделе HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Bethesda Softworks/Skyrim/.(у кого нету Bethesda Softworks в SOFTWARE следует поискать в "HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node").
Находим строку Installed Path. В ней, в колонке "Значение" скорее всего написан путь не соответствующий текущему месту расположения игры. Поэтому лаунчер и не видит файлы.
Меняем путь на реальный (т.е. указываем в значении где у нас находится игра Skyrim например "D:\skyrim" именно где находиться не посредственно сам файл запуска игры.) Вуаля, лаунчер теперь видит все моды что вы кидаете в папку Data.
Вы уже видели все эти способы и они вам не помогли? У меня есть решение!
Просто берёте и удаляете: Bethesda Softworks/Skyrim. Всё!
Просто запускаете лаунчер. И если вы сделали всё правильно то такие надписи как: "файлы" и "настройки" буду затемнены. А вместо "Играть" будет "Установить". кликайте на "Установить" и вуаля. Ваш лаунчер теперь видит все ваши моды.
P.S. Зажимаете win + r, открывается окошко и туда вводите regedit и ищете Bethesda Softworks.

Добавлю от себя что мне помог способ с удалением Skyrim в реестре, удачи!