Не всегда. Может конкретно у ГоГа сохраняется, мало имел дел с играми оттуда. Но помню лет 15+ назад всегда бэкапил сейвы. Сейчас уже наверное по привычке просто, раз все игры оставляют.
В том то и дело, что принцип работы. Это очень обобщено. Репакеры же делают свой инстал\деинстал и тут уже их право прописывать, что удалять, а что нет. Раньше часто брал релизы от разных репакеров и удаляю потом с помощью RegOrganizer(или ему подобных) и частенько оставались хвосты в системе, когда как после хатаба всегда было чисто.
А менять путь сохранений так это вообще в код лезть, что 99% репакеров не делает. Тут уже мои познания очень скудны, поэтому утверждать не стану.