Нет, не нужно.

Пример (скриншот) — https://imageup.ru/img185/3496568/1.png

Установщик обновления делался под конкретный репак основной игры, поэтому и получилась накладка с тем, что файлы распаковываются в отдельную папку.
На будущее — после указания папки с игрой, нужно удалить в строке с адресом Sea of Thieves - Anniversary Edition

Перед тем как зарегистрировать игру новой версии, нужно удалить запись в Windows о старой версии.
Это можно сделать из командной строки введя следующее:
Powershell.exe Remove-AppxPackage Microsoft.SeaofThieves_2.86.7937.2_x64__8wekyb3d8bbwe

Или из Powershell:
Remove-AppxPackage Microsoft.SeaofThieves_2.86.7937.2_x64__8wekyb3d8bbwe

Репак обновления проверял на 3-х разных ПК, на предмет наличия ошибок. Ошибок не было.

Если речь идёт о торрент-файле:

Возможно, файл скачался с ошибками. Попробуйте проверить хэш файла.
Перезагрузите ПК, и запустите обновление заново.
Я паковал файлы с минимальным сжатием, чтобы избежать подобные проблемы.

Игра пожалась до 34.5 ГБ (37142720133 байт). при помощи pzlib3+srep+lzma2, но всё равно не то.